1950年6月，政协一届二次会议期间，毛泽东主席听取马叙伦关于学生健康问题的汇报

1947年底，国民党加紧迫害民主进步人士。中共决定掩护一批民主人士从上海转移到香港。1949年1月，在中共的协助下，马叙伦等一大批民主人士从香港抵达东北解放区。1月31日，平津战役胜利，北平和平解放。消息传来，马叙伦异常欣喜，翌日即与其他民主人士共56人，联名致电毛泽东主席和朱德总司令，祝贺平津解放的伟大胜利，赞扬人民解放军劳苦功高、武功彪炳。2月2日，收到毛泽东主席和朱德总司令复电：“……诸先生长期为民主事业而努力，现在到达解放区，必能使建设新中国的共同事业获得迅速的成功……”

解放军渡江后，革命形势迅速发展，中国共产党为迎接全国解放，及早成立人民政府，抓紧了新政治协商会议的筹备工作。5月中旬，毛泽东邀请马叙伦商谈有关政协筹备、经济建设以及外交贸易等问题，马叙伦异常激动，提出了许多宝贵建议。6月15日，新政协筹备会第一次全体会议在中南海勤政殿开幕。16日晚，在新政协筹备会常务委员会上，讨论成立了6个小组，分工负责建立新中国的各项筹备工作。李维汉、谭平山、周恩来、董必武、郭沫若分别担任一至五组组长，马叙伦担任第六组组长，主持拟订国旗、国徽和国歌方案。此外，他还参加了第一组工作，负责拟定出席中国人民政治协商会议的单位及代表名额。

1949年9月25日晚，毛泽东、周恩来在中南海丰泽园召开座谈会，听取关于国旗、国徽、国歌、纪年、国都问题的意见。会上，马叙伦率先提议：用《义勇军进行曲》暂代国歌，周恩来支持马叙伦的建议，毛泽东最后拍板。在马叙伦的提议下，每年的10月1日作为国庆节，从此固定下来。

新中国成立后，马叙伦先后出任首任教育部部长和高等教育部部长。为了沟通教育工作，他与毛泽东有着频繁的书信往来，从1949年10月到1954年4月，毛泽东写给马叙伦的信已知的就达7封。

1950年春，马叙伦决定筹办《人民教育》杂志，他写信给毛泽东，希望能为杂志的创刊号题写几个字。毛泽东接信后，挥笔题写道：“恢复和发展人民教育是当前重要任务之一。”写毕，他把题词寄给了马叙伦，并附信：“夷初先生：示悉。遵嘱写了几个字，是否可用，请酌。此颂日安!毛泽东四月二日。”马叙伦接到毛泽东的信和题词后，非常高兴。同年5月1日，《人民教育》杂志创刊号发行，前面就是毛泽东的这幅题词。

新中国成立初期，学生中肺结核、营养不良等疾病很多。看到一份反映学生健康水准有所下降的报告，马叙伦非常着急，及时向毛泽东报告：学校课外活动多，学习负担过重…学生的健康受到了影响。毛泽东听后，当即表示：健康第一。并说：“营养不足，宜斟酌经费，学习时间宜大减，病人应有特别待遇。”19日，毛泽东又专门为此致函马叙伦：“此事宜速解决，要各校注意健康第一，学习第二。营养不足，宜酌增经费。学习和开会的时间宜大减。病人应有特殊待遇。全国一切学校都应如此……”1951年1月15日，他就学生健康问题再次写信给马叙伦，信中说：“关于学生健康问题，前与先生谈过，此问题深值注意。”“提出‘健康第一，学习第二’的方针，我以为是正确的。”“提议采取行政步骤，具体地解决此问题。”读罢这两封信，马叙伦为共和国领袖对教育工作、特别是对学生健康问题的关注深深感动。根据毛泽东的批示，他立即领导教育部着手组织开展调查研究，就增加学生补助、精简课程、课外活动等提出了具体的办法，拟订了具体解决措施，并将其作为1951年教育工作的指导方针和主要任务重点落实，切实解决问题。不久，马叙伦致信毛泽东，汇报了邀集财政部、卫生部、青年团、学联及有关部门洽商此事，并请卫生部给学生作全面检查的情况。

建国初，整个国民的文化水平很低，文盲占有相当大的比重。马叙伦决心扫除文盲，提高国民的文化水平。为此，他特意筹办了《学文化》半月刊。1951年1月23日，马叙伦致信毛泽东，希望毛泽东能为该刊物题写刊名。毛泽东一向注重和提倡学习文化，也热切盼望广大劳动人民能提高文化水平，逐步知识化。因此，接到马叙伦的信，他在2月12日挥笔写了“学文化”三字，并随字附了一封信：“夷初先生：一月二十三日信收到。学文化三字照写，不知可用否?”